Exposés de bioinformatique structurale

Exposés de 10 minutes. C'est une analyse d'article, pas un résumé d'article ! Prendre du recul et regarder au-delà de l'article initial.

Certains articles, marqués **, peuvent être traités en binôme, avec 10 minutes chacun (total 20 minutes).

Choix des articles : envoyer un mél à thomas.simonson@polytechnique.fr.
Premiers arrivés, premiers servis. La présentation n'est pas notée mais elle est obligatoire.

Les questions sont aussi obligatoires : chacun devra poser au moins une question (pertinente) à chaque exposé.

• 1) Conservation of gene order: a fingerprint of proteins that physically interact.
  Dandekar, T., B. Snel, M. Huynen and P. Bork. Trends Biochem Sci, 23:324-28, 1998.
• 2) GroupBuild: a fragment-based method for de novo drug design.
  Rotstein, S. H. and M. A. Murcko. J Med Chem, 36:1700-10, 1993.
• 3) Amino acid substitution matrices from protein blocks.
  Henikoff, S. and J. Henikoff. Proc Natl Acad Sci U S A, 89:10915-19, 1992.
• 4) Conformational analysis of the backbone-dependent rotamer preferences of protein sidechains.
  Dunbrack, R, M Karplus. Nat Struct Biol, 1:334, 1994.
• 5) Crystal contacts as Nature's docking solutions.
  E. Krissinel, J. Comp. Chem., 31:133-43.
• 6**) SHARP²: protein-protein interaction predictions using patch analysis.
  Murakami Y, Jones S. Bioinformatics, 22:1794-95, 2006.
• 7**) Relibase: design and development of a database for comprehensive analysis of protein-ligand interactions.
  Hendlich, Bergner, Gunther, Klebe. J. Mol. Biol., 326:607-20, 2003.
• 8**) Very fast empirical prediction and rationalization of protein pKa values.
  Li, Robertson, Jensen. Proteins, 61:704-21, 2005.
• 9) Structure-based design of mutant Methanococcus jannaschii tyrosyl-tRNA synthetase for incorporation of O-methyl-L-tyrosine.
  Zhang, Vaidehi, Goddard, Danzer, Debe. Proc Natl Acad Sci U S A, 99:6579-6584, 2002.
• 10) A simple physical model for binding energy hot spots in protein-protein complexes
  Kortemme, Baker. Proc Natl Acad Sci U S A, 99:14116-14121, 2002.